美国人为什么一直不敢公开外星人存在的真相？
根据他们官方激励文件，蓝皮书计划的记载，从上个世纪的50年代开始，他们一共调查了12618件UFM目击报告。这其中94%的报告都被判定为自然事件，但仍有701件报告被吞入了绝密档案。随着这些绝密档案的时效性到期，真相渐渐被公众所知晓。
蓝皮书计划就是改编自这些目击报告中发生过的真实事件。在美苏冷战时期，一个漆黑的夜晚，两架空军战斗机正在进行夜间训练。
突然，一个发着诡异蓝色光芒的物体，在极近的距离飞快的从战斗机旁掠。紧接着这个神秘发光体又折返回来，并在战斗机前面不停的挑逗飞行员。被激怒的飞行员立刻朝着他开火射击。但这个神秘的发光体速度极快且又异常的灵魂。本周的老式战斗机根本打不到他，发光体够了之后，突然开始垂直上升，战斗机竟然也不受控制的被吸了上去，吓得飞行员使出了吃奶的力气，想重新控制飞机，但是他失败了。
由于战斗机被发光体系向高空已经失速，当这股神秘力量放开它之后，战斗机只能垂直的坠向地面。不过后来神奇的是，飞行员和战斗机竟然都平安无事，只是飞行员的精神受到了刺激。这次事件被上报到空军高层后，他们很快派来了两名调查人员，分别是艾伦博士和奎恩上尉。
军方为了掩盖最近发生的多起不明飞行物事件，甚至投资拍了很多关于外星人的电影，用来迷惑公众。而他们请博士过来参与调查。也是为了让他编一个合理的解释给新闻媒体。
至于真相到底是什么，军方是绝不会向公众透露的，尚未跟飞行员了解了整个事情的经过。尽管飞行员极力解释，他看到的都是真实的，但尚未却说他肯定是产生了幻觉。
此时，博士在检查飞机的时候也有了惊人的发现，他拉开机翼上的盖璃，发现机翼上有很深的撞击痕迹，而且机身上残留着大量的异常辐射。艾伦博士知道正常情况下，飞机在高空出现金属伤痕，只会产生小量的放射性电荷。
而这架战机的辐射水平却远远高出正常数值。他知道这件事肯定不简单，但尚未则坚持，认为飞行员是撞到了气象观测气球，而气球的底部刚好悬挂着一大块金属。他认为，机翼上的伤痕就是撞击这块金属产生的。
但艾伦博士经过精确的计算后，否定了上尉的猜测，没想到上尉也是个倔脾气，他决定带着博士做一次情景还原。尚未驾驶着飞机载着博士飞上夜空，他们朝着一颗气象气球飞了过去。这场景果然跟飞行员说的很像，但是追求完美的上位，还想精确还原当时的场景。
他要撞击气球下面的金属物体，得到和之前飞行员一样的划痕。但是这么疯狂的操作，让飞机失去了控制，直接坠向了地面，吓得艾伦博士直接昏死了过去。当他醒来时，发现飞机已经坠落了，但是自己和上位都很幸运的活了下来。
他相信了尚未给出的解释，准备将这个结论通报给关注这件事的继承，但事情真的这么简单吗？调查结束后，飞行员还在康复中心休养。这天，突然来了几个神秘的男人给他注射了药物，然后将他强行带走了。
谁能想到，美国军方为了掩盖外星人存在的证据，竟然投资拍摄了大量科幻电影，来混淆视听，迷惑民众。
他们还请来了艾伦博士，给人们编撰合理的解释。但博士前脚刚走就来了，一伙神秘人强行带走了不明飞行物的目击者艾伦博士在回家的路上，突然发现自己被一辆黑色轿车跟踪了，而且那辆车竟然直接就撞了上来。
艾伦博士被吓得够呛，他回头一看，发现这个黑衣人正是之前见到过的那个人，而这个黑衣人好像故意在引导过时，他将车开到一个废弃的游乐场就消失了。艾伦博士冲进去寻找黑衣人，却发现自己来到了一个诡异的房间里，里面有一台放映机，正播放着奇怪的视频，视频里面循环的出现一些数字和符号。
艾伦博士回到家后，马上拿笔写下了视频中的数字，他盯着这些数字思考着。突然，他意识到这些数字连起来可能是某个地理坐标，而这个坐标好像指向了神秘的南极中。正当他要进一步研究的时候，外面传来了敲门声，原来是他的搭档奎恩上尉来找他。因为刚刚又发生了一起不明飞行物事件，一颗天外陨石划过小镇的夜空，随着一声巨响，雨时狠狠的砸在了树林里。
附近的一些居民赶紧跑过去看热闹。其中一个小孩子在好奇的看着着火的森林，突然被眼前出现的怪物吓坏了。得到消息后，艾伦博士他们第一时间就赶到了目击者的家里。此时的一家人被吓得躲进地下室，他们声称自己遭遇了怪物的袭击。
博士看到孩子的脸部确实受到了奇怪的烧伤，孩子的妈妈跟两人描述了昨晚发生的事情。原来在男孩看到怪物之后，吓得他们赶紧往家里跑。
此时，森林里到处都散落着不明飞行物的残骸，其中一些还散发着耀眼的红色光芒。然后，孩子的妈妈带着他们来到了坠落现场。艾伦博士摸了摸这里的地面，他发现这里的土质非常的松散，就好像被剧烈的震动过一样。这表示附近肯定发生过能量巨大的撞击。
然后艾伦博士又爬到了烧焦的树上，想看看附近有没有不明飞行物的残骸。但他却意外的发现了之前遇到的那个黑人，这个人好像一直在盯着他们。
艾伦博士一不留神从树上掉了下来，爬起来后，他拿着仪器检测了附近的辐射值。在辐射值水平最高的地方，他们竟然真的挖出了一块发着红光的残骸。