这个男人被外星人捡走，并且外星人直接读取了他的大脑，获取了人类的全部秘密。但外星人对人类的这种落后文明没有一丁点兴趣，他们想要得到的是人类刚刚捡到的一个大宝贝，一艘探索宇宙终极秘密的飞船命运号。
这个男人就是命运号上的首席科学家拉什博士。一天前，飞船路过了一颗星球，飞船上的人们想上去看看能不能找点有用的物资，就通过星际之门来到了这里。这颗星球上面荒无人烟，正当他们想要返回的时候，竟然发现了一艘损坏的小飞船。
拉什博士兴奋的开始研究这艘小飞船，没想到一旁的杨上校找起了他的麻烦，因为他一直反对上校领导这个团队，两个人打了一架。回去的时候，杨上校没有管他，把他一个人丢在了荒无人烟的星球上。
大家都以为他死定了，没想到他竟然打开了这艘破旧飞船的呼救器，引来了外星人。外星人抓走他后，直接连接了他的大脑，获取到了命运号上的秘密，并且截屏了命运号。外星人派出了很多小飞船，想要登陆命运号，命运号上的船员们奋力反抗。但还是有一艘小飞船成功登陆了，并且劫走了一个船员。
杨上校使用了飞船上一种神奇的设备，通讯时，与外星飞船上的一个人交换了身体。他用外星人的身体救出了拉什博士。不然通讯时的连接断开了，拉什博士徒手干掉了这个外星人。并从外星人的大脑中获取到了他们的信息。
他找到了被困的船员，并偷走了一艘小船，逃回了命运。号。拉什博士还从外星人那里知道了很多秘密，比如他们早就发现了命运号，并一直在跟踪，只是没有办法突破飞船的防御，无法登陆。他们还在命运号上放置了追踪器，保证自己能一直跟着他。
杨上校吓得赶紧开着穿梭机炸掉了这个附着在飞船下面的追踪器。上校松了一口气，但是拉什博士却并没有这么轻松。他没有告诉杨上校在这个星系里还有更多更强大的外星种族在前方等待着他们。
天空突然喷出了巨大的火焰，紧接着一个庞然大物从里面钻了出来，人们被这突然出现的怪物吓得四散逃窜。
这个不明飞行物冲破大气层后，竟然笼罩住了整座城市，而此时的美军指挥部也早已乱成了一团。他们在几个小时前就探测到一个有月球四分之一大小的物体，向地球方向急速驶来。不知是敌是友，一颗高轨道军事卫星躲避不及，撞在上面瞬间灰飞烟灭。
然后巨型飞船放出了几十个子飞船冲入了地球大气层。空军派出了预警机抵近观察，结果直接闯入了飞船与大气层摩擦产生的火焰中，所有机组人员全部牺牲。
国防部长一脸凝重的告诉总统，这些家伙看来是来者不善，并且有一艘飞船已经直奔白宫而来。为了保证指挥系统的存在，总统让副总统和其他人乘坐空军一号赶紧离开，而自己则要留下来发表电视讲话，安抚民众。
而此时此刻，全世界多个城市的天空同时出现了外星飞船。所有人都被这巨大的大家伙震惊了，他陆陆续续的覆盖了地球上所有的主要城市，华盛顿、纽约、东京，无疑幸运，各个国家的人们像无头的苍蝇一样不知所措。
城市的交通也陷入了瘫痪，这些飞船停稳之后，却都没有进一步的动作。在太空总署工作的大卫发现，这些飞船在不停的同步一个信号。经过他的研究解密发现这个信号竟是一个倒计时。他猜测，目前这些飞船正在排兵布阵，等到计时结束就会统一采取行动，现在还剩余六个小时，他不知道那时会发生什么，但肯定不会是什么好事。
大卫劝大家赶紧离开飞船笼罩的城市，然后他找到父亲，一起开着车前往白宫，打算将刚刚得到的情报告知总统，想要见到总统当然不是那么容易。不过幸好他的前妻在总统身边工作，在前妻的帮助下，大卫成功的见到了总统，并将自己的猜测告诉了他。
现在距离倒计时结束仅剩30分钟了，大卫劝总统赶紧离开这里。但总统觉得他只是胡乱猜测，并没有听取他的意见，这是军方安排的一架直升机试图和飞船进行沟通。直升机对着飞船打出了灯谜，没想到飞船立刻就有了回应，他缓缓的打开了一条蓝色的缝隙。
就在大家紧张的等待他们回答的时候，突然间一道激光射出准确的命中了直升机，顷刻间击毁人亡，外星人果然是来者不善。这下验证了大卫的猜测，总统和他的手下立刻动身撤离白宫。此时倒计时只剩下九分钟了，胆子小的民众早就逃出了城市，可仍然还有一些人手举牌子，站在摩天大楼的楼顶上，为外星人的到来举行欢迎仪式，他们一个个充满期待，兴奋不已。
突然，飞船底部的仓门缓缓的打开了，里面发出了幽幽的蓝色光芒。这群人被这奇异的景象惊得呆住，还在赞叹外星文明的伟大。此时，倒计时正式结束，一股巨大的能量在飞船底部迅速汇聚，疯狂的人们顶住呼吸，期盼着更大的惊喜。
然而，下一秒汇集的能量直接击穿帝国大厦大厦，就像纸糊的一般，瞬间化为灰烬。巨大的冲击波不断的向城市四周开始扩散，所到之处皆被夷为平地，无数人顷刻间灰飞烟灭，整个城市变成了人间炼狱。总统乘坐的飞机此时也刚刚起飞，幸亏飞机跑的足够快，才没有被火焰吞没。
曾经繁华的大都市，销烟袅袅，一片废墟。既然对方来者不善，那我们也不是好惹的。军方立刻制定了反击计划，一场守卫人类命运的战斗即将打响，美军派出了他们最精英的飞行编队，向着外星飞船驶去。
队长一声令下，战机编队从四面八方向飞船发射了导弹。然而，让他们吃惊的是，人类的武器竟然毫无作用，原来这些飞船竟然有能量保护着人类，这些弱小的武器根本就无法突破。此时，外星飞船派出了大量小型战机，他们像蝗虫一样密密麻麻，并且这些小型外星战机同样拥有能量保护罩。美军的战机不管如何攻击。都无法让他们分好。
最后美军战机被打的落花流水，事实证明，敌我实力悬殊太大，硬碰硬显然不可行，无奈之下只能撤退。但是外星战机穷追不舍，非要把美军赶尽杀绝。最后，这支精英编队就只剩下上位一个人了，他逃到了内华达沙漠中的狭小山，凭借出色的飞行技巧以及冷静的判断，躲过了一次又一次的致命攻击。就在飞机燃油耗尽的时候，他及时打开降落伞逃出升天。而外星战机因为视野被遮挡而撞上山坡坠毁，尚未爬起来，愤怒的走向外星战机，并打开了对方的舱门。只见一个满身触手的怪家伙，正骂骂咧咧的往外爬。
史密斯尚未毫不客气的一拳把他打晕了，然后将他放在降落伞中打包好，拖着他往基地的方向走去。在他们艰难的走了一段路口，遇到逃难的车队，尚未拦下了一台车一起赶往基地。与此同时，总统一行人也到达了这个隐藏在内华达州的51区基地。
当他们下降到地下24层之后，终于看到了这座神秘基地的阵容。总统很生气，这个国家竟然还有瞒着他的秘密。
基地的负责人带他们参观了1947年在罗斯维尔事件中获得的飞船，以及被做成标本的外星人。根据奥肯博士的介绍得知，外星人的本体其实不堪一击，但他们的盔甲坚硬无比。而且更加神奇的是，外星人都是用脑电波进行交流。
因为大卫成功破解过外星飞船的信号，所以总统决定让他研究这架飞船，看看能否找到外星人的弱点。这时，史密斯上尉也带着外星人来到了秘密基地。守门的士兵起初还不让他们进入，但是史密斯亮出了他的战利品后，吓得士兵赶紧对他们放行了。
外星人被带进来后，奥肯博士马上开始了手术研究，他们发现这个外星人身穿一层盔甲，刚刚脱下他的盔甲。外星人醒了过来，立刻做出反应，吓得众人连连后腿。就在博士还想继续解剖时，外星人用脑电波损坏了仪器设备。
还杀死了博士的同时，这时总统赶来，正好看到了这一幕，外星人趁机控制博士的身体，发出声音，要求总统马上放了他。而总统还幻想着跟他们和平共处，可外星人却说，地球人必须全部杀光，还发出刺耳的声波，袭击了总统，总统的头，感觉要炸开了一样，倒地不起。
将军见状，立刻掏出手枪击毙了外星人总统，这才恢复了正常。同时他也知道了外星人的计划，他们像蝗虫一样到不同星球去掠夺资源。
这次的目标是地球，他们早就派出过侦察飞船来过地球，对我们的一切都了如指掌，其中一些侦察飞船还坠毁在地球，被人类捡到了。
如果这次外星人侵略成功，地球将失去所有生命。将军希望使用核武器摧毁敌人总统之前一直犹豫不决，因为他不想在自己的国土上使用核武器，但现在已经没有其他办法，只好同意飞行中队全副武装，带着核弹出发。在他们发射完核弹后，亲眼看到核弹贴着飞船爆炸。
大家正比欢呼。然而不一会儿，收到观察者的消息，外星飞船依然完好无损，地球最强的武器竟然都无法伤害敌人，所有人都感觉到了绝望。这时大卫已经破解了外星人飞船的系统，但这并不能对敌人造成损伤，他感到很无力。
父亲不忍心看到儿子，这样，他劝儿子注意身体，小心生病。这话突然点醒了大卫，他要让敌人的飞船生病，大卫立马召集了工作人员开始试验，他让士兵对着飞船上的可乐罐开一枪。结果由于受到防护罩的保护，可乐罐安然无恙。
然后大卫将自己写好的电脑病毒上传到了飞船上，让士兵再次射击，结果可乐罐直接被打飞了，飞船的护盾竟然消失了。大家都非常吃惊，大卫马上说出了自己的计划，他要将病毒上传到外星人的母船里，只要母船重力病毒就会传播给其他飞船，这样就会同时解除他们的护盾，然后地球人的武器就可以杀死他们。
史密斯尚未自告奋勇，他要驾驶这架坠毁的小飞船登陆外星女船。去植入病毒，总统同意了这个计划，并将计划用摩斯电码发送给了全世界，号召所有国家的空军一起发起反击。所有的国家放弃了曾经的仇恨，空前的团结起来，一起对付外星人。
这一天正是美国的国庆日。总统在出发前发表了一场振奋人心的演讲。由于之前的战斗，空军损失殆尽，飞行员出身的总统最后也亲自上阵，准备和外星人拼的尼斯。我另一边大卫和史密斯一起登上了外星飞船，驾驶着他飞向了太空中的母舰。
当他们接近母舰的时候，正好看见外星人大军已经集结完毕，准备对地球洗劫一空。小飞船飞进母舰后，开始了自动对接，大卫找准时机，当即植入了病毒，同一时间，由总统带领的空军也开始行动。他们先尝试着发射了一枚导弹，结果却发现飞船的防护罩还在，大家都以为病毒植入的计划失败，于是全都掉头返回。但总统不甘心，决定再试一次。
第二枚导弹发射后，竟然成功的在外星飞船上爆炸，护盾真的消失了，众人欢呼，战机全部返回，导弹倾泻而出，外星飞船瞬间被炸开了花，赶紧放出了小飞船出来拦截，但是小飞船此时也没有了护盾，保护这次可以公平较量了。
一时间，天空中火花4起，就在空军打的正起劲儿的时候，导弹竟然消耗光了。然而外星飞船却还没有什么大的损伤，现在战机需要尽快返回补充弹药。
外星飞船此时又在聚集能量，准备发动能量攻击，总统将仅有的一颗导弹打出去，却没有击中要害。眼看外星飞船的能量聚集，就要完成了，一位老飞行员驾驶着战机冲向了发射。而这里正是外星飞船的要害。随着一阵剧烈的爆炸，外星飞船被彻底摧毁了，反击战大获全胜。
而这是在外太空的大卫和史密斯把一颗核弹留在了外星人母舰里面。然后两个人惊险的逃了出来。核弹在母舰中爆炸，巨大的飞船瞬间化成无数的碎块，瞬间吞没了史密斯。
他们的小飞船。幸好小飞船足够结实，顺利的飞了回来，二位英雄也平安的降落了地球。这场地球保卫战，人类终于取得了胜利。那么外星人到底来自哪里？他们会善罢甘休吗？